À l’origine, Métabief, situé à deux pas du tracé de ViaCluny.fr, constituait sans doute un relais sur la route passant par les Granges-Sainte-Marie vers la Suisse. Le village est traversé par le Bief Rouge, ruisseau qui devient une délimitation entre le baillage de Pontarlier et la seigneurie de Jougne dont il dépendait.
Métabief doit son développement économique à l’acte d’affranchissement accordé à ses habitants, le 15 août 1393, par Jean de Chalon, Sire d’Arlay et dès le 15ème siècle, l’exploitation des mines de fer devient une priorité. Le minerai est lavé dans le Bief Rouge et une renardière, sorte de four destiné à la fonte du minerai de fer, est en activité en 1512. L’activité minière diminue progressivement au fil des siècles pour s’arrêter en 1841 alors qu’à la même époque s’ouvre une usine de limes qui perdurera jusqu’en 1911. Métabief devient alors une commune agricole…mais c’était sans compter sur l’engouement pour les sports d’hiver qui débutent alors.
La situation de Métabief au pied du Morond (1 419 mètres) dans le massif du Mont d’Or (1 463 mètres) devient un atout pour son développement touristique. Courageux, les skieurs et les lugeurs remontent les pentes à pied, le premier téléski étant installé sur les pentes des Hôpitaux-Neufs en 1948 alors qu’à Métabief, une télébenne est installée sur les celles du Morond en 1953. De très nombreux travaux sont ensuite effectués pour développer les pistes de ski, les enneiger et pour héberger des touristes, classant Métabief station nationale de sport d’hiver en 1979. En septembre 1993, a lieu le Championnat du monde de VTT, Métabief devenant depuis un haut lieu de la discipline ainsi qu’une station hiver-été moderne et attractive.