L’occupation humaine des flancs de la vallée du Suran est très ancienne et la Baume de Gigny a régulièrement été fréquentée par l’Homme dès 150 000 ans avant notre ère. Les fouilles, effectuées de 1966 à 1977 par Marcel Vuillemey, ont contribué à en faire un site de référence pour la préhistoire française, voire européenne. Non loin de Gigny, à Loisia, une statue de la déesse Epona rappelle que des voies longeaient la vallée à l’époque gallo-romaine et, à Gigny même, un cimetière mérovingien est connu à quelques centaines de mètres de l’abbaye.
L’histoire des premiers temps clunisiens a fait l’objet de réécritures par les Clunisiens eux-mêmes, mettant Baume en avant au détriment de Gigny même si les recherches archéologiques récentes montrent que Baume était sans doute un établissement plus important que ce que l’on imaginait. Mais, pour les historiens, Baume est une dépendance de Gigny qui serait l’une des plus anciennes occupations monastiques pré-clunisiennes et aurait même pu jouer un rôle dans la diffusion des réformes carolingiennes.
Les recherches archéologiques conduites à Gigny ont probablement découvert les traces de la première clôture du site monastique, celle de sa fondation carolingienne avant la fin du 9ème siècle, qui devait défendre l’abbaye d’alors dont l’église pourrait se trouver sous la nef actuelle. La reconnaissance archéologique de l’avant-nef de Gigny, sous l’actuelle place du chapitre, permet de comprendre son rôle liturgique comme Galilée, pour les processions et la mémoire des défunts ; on le retrouve à Romainmôtier et Payerne. Avec son avant-nef dotée de deux tours, Gigny devait ressembler à Cluny II (fin 10ème – début 11ème siècle) et Saint-Philibert de Tournus (début 11ème siècle) : l’église était à l’origine un édifice beaucoup plus ample, plus haut à l’intérieur et plus long à l’extérieur, que le bâtiment actuel. Le chevet plat du chœur a remplacé les absides d’origine au 13ème siècle.
À la fin du Moyen Âge, le prieuré passe en commende. L’un de ses abbés commendataires les plus illustres est le cardinal Della Rovere (1492-1503), futur pape Jules II qui commanda la chapelle Sixtine à Michel-Ange. On lui doit la façade actuelle de l’église et son portail, après démolition de l’avant-nef et des deux tours qui l’encadraient. Des soucis de stabilité du bâti ont conduit à de nombreux remaniements dans l’église : ainsi la voûte du 12ème siècle a été remplacée au 17ème siècle et le clocher coiffé d’un toit à l’impériale, typique de la Franche-Comté. A voir et à visiter sur votre randonnée ViaCluny.fr.
