Le tracé de ViaCluny.fr emprunte parfois d’anciens axes de communication, ainsi celui servant à la circulation transjurassienne.
Frontière entre la France et la Suisse, le Jura crée une barrière naturelle entre ces pays. Il existe cependant un passage peu accidenté qui permet le franchissement de la chaine entre Pontarlier en France et Vallorbe en Suisse : cette voie culmine à seulement 1 012 mètres, à Jougne. Les hommes, marchandises et armées ont utilisé très tôt cet axe de circulation naturel qui acquiert rapidement une grande importance stratégique, si bien que les populations s’y sont même établies malgré la rudesse du climat pour le protéger.
Des recherches ont été faites pour définir les différentes voies liées à cet axe en se basant notamment sur la Table de Peutinger qui mentionnait une voie romaine de Vesontio (Besançon) à Ariolica (Pontarlier), puis d’Ariolica à Lousonna (Lausanne-CH) avec un embranchement vers Les Fourgs et Eburodunum (Yverdon-CH) par le col des Etroits. Leur existence a été confirmée par analyse LiDAR (lasergrammetrie), sous la direction de Nicole Lemaitre, professeure émérite d’histoire moderne de Besançon.
À proximité de cet axe, vers Pontarlier, des ensembles archéologiques majeurs ont été découverts : la nécropole protohistorique de l’Arlier (premier âge du fer), la nécropole mérovingienne de la Grand-Oye (seconde moitié du 6ème siècle – début du 7ème siècle). Une borne miliaire dédicacée à l’empereur Trajan, datée du début du 2ème siècle, a été trouvée au lieu-dit Fontaine Ronde (RN 57).Très récemment, les fondations de plusieurs habitations mérovingiennes (6ème et 7ème siècles) ainsi qu’une aire de stabulation pour le bétail, une boucherie et même une église ont été mises au jour.
À l’époque médiévale, le trafic des marchandises devient un enjeu majeur : dès le 10ème siècle, un péage existe au pied du fort de Joux, garantissant un revenu régulier au seigneur des lieux. Aucun voyageur ne pouvait l’éviter et le prix à payer était d’autant plus élevé. Peu à peu, villes et villages se sont établis sur la voie de passage : Pontarlier, La Cluse et Mijoux, Les Hôpitaux vieux, les Hôpitaux neufs, Jougne.
Jean de Chalon-l’Antique prend possession de la seigneurie de Jougne en 1266. Un péage lui est accordé par l’empereur Rodolphe qui devient rapidement l’un des plus grands péages européens, atteignant son apogée au 14ème siècle grâce au commerce des draps entre l’Italie et la Flandre, alors bourguignonne. Il décline peu à peu au profit de Genève puis de Lyon et est supprimé en 1780.
De nos jours, cette voie de passage millénaire, axe transjurassien principal de circulation routière, est devenue l’axe européen E 23. En descendant après Jougne, au-dessus du village de Ballaigues (VD-CH), il est possible de voir la plus longue voie romaine à ornières de Suisse : ce tronçon est visible sur 200 mètres et l’espacement entre les ornières est d’environ 1,20 m. Il faisait partie de la route reliant Aventicum (Avenches-CH) à Ariolica (Pontarlier), en passant par Eburodunum (Yverdon-CH) et le col de Jougne.