Commune à vocation résidentielle, commerciale et industrielle aux portes de Lons-le-Saunier, Perrigny n’en possède pas moins un patrimoine qu’il faut savoir découvrir : ViaCluny.fr vous y aide… Son origine remonte à l’époque gallo-romaine. En haut du village, l’église Saint Jean-Baptiste, en cours de restauration, a retrouvé une belle lumière intérieure avec les vitraux créés par le maître-verrier Philippe Tatre.
Le caractère autrefois viticole de Perrigny est illustré par l’accord de 1304 conclu entre le comte de Bourgogne et l’abbaye de Baume qui se disputaient le ban des vendanges à Perrigny. Au 17ème siècle encore le seigneur de Perrigny, eut maille à partir avec l’abbaye de Baume pour l’exercice de la haute justice que l’abbaye de Baume lui accorda en 1710. La plus ancienne maison du village date de 1641, le village ayant dû être reconstruit après son incendie et le massacre de ses habitants en 1637 par les troupes françaises. Les sujets de la seigneurie devaient guet et garde au château de Montaigu où ils étaient « retrahants » tandis que les moulins appartenaient en 1888 au prieuré Saint-Désiré de Lons-le-Saunier.
Activité plus récente, le gaz fut exploité à Perrigny de 1948 à 1969 et la Voie Verte PLM reliant Lons-le-Saunier à Champagnole y passe.