Dédiée à saint Claude, la chapelle de Mijoux a été édifiée en 1705 au hameau qui s’appelait alors « Les Gagelin » : la chapelle devint par conséquent « la chapelle des Gagelin ». Elle a été fondée, dotée et décorée par Claude Belot de Vilette, chanoine et grand chantre de l’église métropolitaine de Besançon, qui possédait des biens au hameau. Les habitants fournirent les matériaux et Messire Belot de Vilette paya la main d’œuvre. Une cloche de 300 livres fut fondue et placée dans le clocher mais ayant été cassée en 1744, une nouvelle pesant 400 livres fut fondue.
Pour la décoration de la chapelle, le chanoine donna cinq tableaux marqués de ses armoiries, un calice d’argent, une chasuble en damas rouge portant une croix d’un drap en argent garnie d’un galon de filoselle jaune, une chasuble noire garnie d’un galon blanc en filoselle, percée à jour « fort proprement », une aube assortie, un vieux missel romain et deux chandeliers d’étain. Claude Gagelin, garde d’honneur du duc de Randan, donna pour la chapelle un tabernacle recouvert de feuilles d’or et des statues furent également offertes pour la décoration. Le 31 août 1736, un énorme incendie dévora la ville de Pontarlier. Les trois jeunes enfants d’Etienne Richard, cavalier de la maréchaussée, sont retrouvés morts dans leur grenier où ils s’étaient réfugiés. Pour exprimer sa douleur, il fit peindre un tableau conservé dans la chapelle et portant l’inscription : « A la vue du spectacle de ce jour, nous versons des larmes de sang, nous vivons sans pouvoir mourir, percés de troy vives douleurs. »
La chapelle eut un chapelain résidant jusqu’en 1820. La toiture et le clocher ont été restaurés en ancelles : une belle découverte à faire sur ViaCluny.fr.
