Aux 11ème et 12ème siècles, se racontent de nombreuses histoires d’ermites retirés dans les forêts du Jura : Simon de Crépy à Mouthe, Vauthier et son acolyte Fournier au bord du lac Dampvauthier, aujourd’hui lac de Saint-Point, ou Romain à Romainmôtier (VD-CH).
À Montbenoît, à quelque distance du tracé de ViaCluny.fr, on rapporte que, vers l’an 1000, un solitaire, nommé Benoît, bâtit un ermitage. Sa réputation de sainteté aurait attiré des disciples et il aurait fondé une communauté religieuse, mais l’histoire n’en fait aucune mention au cours du 11ème siècle.
C’est non loin de ce lieu que Landry, sire de Joux, choisit de fonder, vers 1100, l’abbaye de Montbenoît. Elle sera de l’ordre de Saint-Augustin. La charte de donation de 1169 explique que Landry a donné « tout ce qu’il possédait dans le lieu de Montbenoît, en forêts, pâturages, eaux et prairies, et autres choses nécessaires aux besoins des serviteurs de Dieu qui y sont établis » ; dans la charte de 1228, Henri de Joux précise ces droits. Les terres du monastère deviennent une seigneurie ecclésiastique et on fait appel à des populations étrangères pour les mettre en valeur. L’abbaye devient alors puissante et ses abbés deviennent des nobles influents.
En 1511, Ferri Carondelet, conseiller de Charles Quint devient abbé commendataire de l’abbaye. Par la suite les abbés sont des personnages de haut rang, mais leur gestion n’est pas rigoureuse : petit à petit l’abbaye décline. En 1773, la conventualité est supprimée et les biens de l’abbaye partagés. La Révolution survient, l’église est vandalisée. En 1840, Prosper Mérimée l’inclut dans la liste monuments nationaux.
Elle est aujourd’hui le seul ensemble religieux médiéval de cette importance conservé dans le département du Doubs. La nef de l’église contraste avec le chœur du 16ème siècle. La voûte flamboyante est richement ornée ; les 26 stalles en bois sculpté de grotesques, toutes différentes, sont particulièrement remarquables. Il ne faut pas manquer de se promener dans le magnifique cloître des 12ème et 15ème siècles, faire un tour dans la cuisine voûtée avec son imposante cheminée ou découvrir les petites portes qui mènent aux cachots ou aux oubliettes. L’abbaye est actuellement en restauration.