Le prieuré Saint-Etienne de Pontarlier

Au 11ème siècle, il était fréquent que des seigneurs possèdent des églises mais le clergé décida de récupérer ces biens estimant leur revenir de droit, à l’image de Baume-les-Messieurs en 1078 par rapport à l’église Saint-Etienne de Pontarlier que possède Amaury de Joux puisque l’abbaye obtient de l’Archevêque de Besançon, le droit d’acquérir les églises usurpées par des laïcs. Une charte de 1083 confirme donc la donation de l’église Saint-Etienne par le sire de Joux aux religieux de Baume dont l’abbaye acquiert la même année l’église de Dompierre-les-Tilleuls. Les moines de Baume établissent contre l’église Saint-Etienne, alors située en dehors des remparts de la ville (approximativement là où se situe actuellement le service radio de l’hôpital, au faubourg Saint-Etienne) un prieuré qui prend le nom du saint tutélaire de l’église.
L’obscurité retombe sur le prieuré pendant presque deux siècles et, au quatorzième siècle, le prieuré reste souvent inoccupé. En 1451, le prieur, remet son prieuré pour 40 florins rhénans et part résider au prieuré de Jouhe. La situation se rétablit avec la nomination d’Henry de Fallerans en 1467, qui met de l’ordre dans les affaires et se fait confirmer par l’officialité le patronage de La Rivière, devenue paroisse en 1275 et de ses dépendances, Dompierre, Bouverans et Bonnevaux.
En 1532, Jean de Montrichard est à la fois curé et premier prieur commendataire du prieuré mais, après lui, les moines n’ont plus le droit de dire la messe à l’église, ce qui était leur fonction première. Le prieuré décline puis devient rural : n’ayant plus d’existence réelle, il est détruit.
Le 31 août 1736, un incendie déclenché par des travaux sur le dôme de l’église saint-Bénigne, détruit les deux tiers de la ville dont l’église Saint-Étienne. Le terrain sur lequel elle était édifiée et le cimetière attenant seront utilisés pour édifier un nouvel hôpital. Pontarlier constitue l’un des accès à ViaCluny.fr par sa gare.